公元618年，江都政变，叛军宇文化及等冲入行宫。这位叛军首领，就是萧皇后唯一的女儿南阳公主驸马的亲哥哥。
杨广正与小儿子杨杲在一起。虽然不是亲生，但萧皇后对这个12岁的幼子视如己出，孩子乖巧懂事相貌俊美，背得出父亲杨广所有的诗词，爸爸生病吃不下饭，他就跟着一起不吃饭；嫡母萧皇后服药，他执意为母亲先行尝过；萧皇后要灸艾，他也想先为嫡母试过，皇后心疼不让试，他还不肯，疼爱孩子的皇后从此再也不灸艾。
这个并无过错的孩子被涌入宫殿的叛军吓坏了，躲在父亲身边一直哭泣，被叛军首领裴虔通命人手起刀落，当着杨广的面斩杀，鲜血喷溅了杨广一身。
在父亲面前杀死儿子的裴虔通，是杨广当晋王时的亲信，登基后待他向来不薄，于是，杨广反问杀气腾腾的叛将：“我的确对不起天下百姓，可你们受了我封赏的荣华富贵，为什么这样做？帝王有帝王的死法，不用动刀枪，给我鸩酒。”
部将借口没有准备毒酒，用杨广自己的练巾勒死了他。
杨广对自己的死从不意外，更没有像大多数亡国之君一般垂死挣扎，瑟瑟发抖。
52岁的萧皇后目睹这一切，她安静地为丈夫和儿子收尸，身边没有像样的棺材，只能和宫人拆掉床板，草草做了一口薄棺。
她的长子杨昭早逝。女儿南阳公主经历夫家叛变、丧父丧子之痛，出家与青灯古佛为伴。她的次子杨暕同样在叛乱中被杀，留下遗腹子杨政道。
在这场国破家亡中，如果她是脆弱的女人，如果她孤身一人，故事到这里也许已然收尾。但是，她是祖母，更是皇后和旗帜，她不倒，家族就有希望，于是她带着襁褓中的孙子流落到东突厥，建立起“后隋”政权。
或许是成王败寇任人污蔑，或许是流落的日子太过艰难，没人相信一个老年女人能独自生存于乱世，野史胡编乱造了许多香艳戏码：
比如她侍奉过六个男人，除了隋炀帝，还做过叛军宇文化及的淑妃、窦建德的宠妻、两位突厥番王的王妃，甚至勾搭上李世民，成了唐太宗的昭容。
这些胡诌，有点低估一名皇后的秉性。
由于亲弟弟萧瑀与唐太宗少年交好，在唐朝官至宰相，公元630年，64岁的萧皇后被迎回唐朝，受到唐太宗的礼遇。
公元647年，经历大起大落，困顿过，璀璨过，落魄过的萧皇后最终归于平静，终年81岁。
她去世后，唐太宗以皇后的礼仪将她与隋炀帝合葬。
2013年4月，扬州市邗江区西湖镇司徒村曹庄发现了这座合葬墓，考古部门运用3D扫描技术识别，墓志上已识读出的志文为：“随故炀帝墓志、惟随大业十四年太岁……一日帝崩于扬州江都县……”
墓中两具遗骨，一个鉴定为50岁左右的男性，一个鉴定为56岁以上的女性。
这是隋炀帝和萧皇后最终的归宿。