十一月十日，江忠源赶到庐州布防，可带去的兵勇仅二千七百人。清廷正以全力堵截北上的太平军，极为担忧安徽的太平军与河南的捻军合流，与天津的太平军相呼应。十一月十一日，咸丰皇帝接受礼部左侍郎宋晋建议，以六百里加急的速度再下谕旨，指名要曾国藩率领已经招募的楚勇六千，“乘船顺流东下，与江忠源会合，水陆夹击，以期收复安庆及桐（城）、舒（城）等城，并可牵制贼匪北蹿之路”。46
江忠源手中有多少兵，曾国藩此时募了多少湘勇，水师组建起来没有，宋晋不明就里；西征的太平军兵力有多少，47他也不清楚。既不知己，亦不知彼，而是一厢情愿地要二人收复安徽。可“现在两湖地方，无一舟可为战舰，无一卒习于水师”的状况，皇帝是知道的。曾国藩纵有天大的本事，也不可能在半个月内赶办出一支水师来，拿什么“将皖省沿江贼船大加剿洗”呢？只能说明皇帝在危笃的形势面前，已经乱了方寸，急火攻心，说胡话了。截至十一月底，曾国藩督造成的快蟹船，仅有十艘，而且油漆未干，捻灰未固，根本还下不了水；而由广东采购的船炮、招募的造船工匠，还在路上。至于所谓六千练勇，乃是先前为江忠源做的打算，48训练、军饷等还远远没有跟上；且船只短少，水勇亦无从招募训练。故安徽事态再急，湖南也只能先派江忠浚带楚勇一千赴援。曾国藩也只能硬着头皮复奏：“统计船、炮、水勇三者，皆非一月所能办就。……事势所在，关系甚重，有不能草草一出者，必须明春乃可成行。且广东购备之炮，张敬修雇募之勇，皆系奉肃清江面之旨而来者，臣若不督代同行，则殊失皇上命臣统筹全局之意，亦非臣与吴文镕等四省合防之心。臣之斟酌迟速，规划大局，不得不一一缕陈。”49
看了曾国藩的复奏，明知他在理，咸丰无可如何，仍不免就其奏章的用词，揶揄一番，以发泄满肚子的闷气。“今观汝奏，直以数省军务，一身克当，试问汝之才力能乎？否乎？平时漫自矜诩，以为无出己之右者，及至临事，果能尽符其言甚好，若稍涉张皇，岂不贻笑于天下！着设法赶紧赴援，能早一步即得一步之益。汝能自担重任，迥非畏葸者比，言既出汝口，必须尽如所言办与朕看。钦此。”50
其实，“统筹全局”云云，乃皇帝的指示，并非国藩自大。譬如，十月初二致骆秉章的上谕中便有“两湖唇齿相依，汉（口）、黄（州）一带，尤为鄂省门户，该抚等自应不分畛域，一体统筹也”。51这个“等”里面，自然也包括曾国藩。又如十一月十二日的上谕中，则明确说：“该侍郎忠诚素著，兼有胆识，朕所素知，谅必能统筹全局，不负委任也。”52
曾国藩见到皇帝的朱批，心里的委屈、不平可想而知，他那“湖南骡子”式的倔劲儿又上来了，五天后便给皇帝上了道折子，据理力争，分五点为自己抗辩。
一、赶办水师的谕旨，限期三个月，自己并未逾期。“自兴工之日起，统计不满八十日，昼夜催赶，尚不迟缓。”53已新造战船九十号，改造百余号，加上雇载的民船总计四百号，可于正月中旬完毕，所差者是在广东购办的船炮，船炮不到，不能起行。言外之意，即使逾时，责任在广东而不在湖南。
二、扫荡江面，克服安庆的谕令不现实，不可能。“查现在黄州以下，节节被贼占据，修城浚壕，已成负隅之势，……若舟师东下，必须克复黄州，攻破巴河，扫清数百里江面贼踪，乃克达于皖境，此则万难之事，微臣实无把握。”54江忠源兵单势危，自己则等候船、炮，沿途又必会遭太平军的节节顽抗，“何能遽行扫清，直抵安徽？”球抛回给了皇帝，暗喻他不明形势，一厢情愿。
三、通盘筹划数省军务者，是各省督抚，而非他欲以一身克当。“三省合力防堵之说，系臣骆秉章与臣函内言之；四省合防之说，系臣江忠源与臣函内言之；待南省船炮到鄂，即与北省水师合力进剿，系臣吴文镕与臣函内言之；……臣之才力固不能胜，臣之见解亦不及此，此系吴文镕、骆秉章、江忠源三臣之议论。然舍此办法，则南数省殆不可问矣。”55
四、湖南练勇，正在湘南剿匪，不可能马上撤回。“目下桂属正在搜捕之际，未便遽行更换；郴州、永兴正在危急之际，不能不星速进剿。且待船将办齐，炮将到齐，再将各勇撤回，带赴下游。”56断然回绝了皇帝要求他撤回剿匪的湘勇，进军安徽的要求。暗喻皇帝不顾轻重缓急，在瞎指挥。
五、饷乏兵单，自己是知其不可而为之，成败利钝不可预计。“臣以丁忧人员，去年奏明不愿出省办事，……此次奉旨出省，徒以大局糜烂，不敢避谢。然攻剿之事，实无胜算。臣系帮办团练之人，各处兵勇既不能受调遣，外省之饷项亦恐不愿供应。虽谕令抚臣供支，而本省藩库现仅存银五千两，即起程一月之粮，尚恐难备。……臣自维才智浅薄，惟有愚诚不敢避死而已。至于成败利钝，一无可恃。皇上若遽责臣以成效，则臣惶悚无地。与其将来毫无功绩，受大言欺君之罪，不如此时据实陈明，受畏葸不前之罪。臣不娴武事，既不能在籍终制，贻讥于士林；又复以大言偾事，贻笑于天下。臣亦何颜自立于天地之间乎！”57
将在外，君命有所不受，况且像曾国藩这样顾念大局，肯于负责、办事认真的大员并不多，存亡危急之秋，皇帝还真是不能不指望他。咸丰也知道，军情瞬息万变，坐在紫禁城中的他，并不具备运筹帷幄、决胜千里的能力。虽然这道绵里藏针的奏折肯定噎得他难受，皇帝也不能不以朱批加以安抚，给自己找个台阶下：“知道了。成败利钝，固不可逆睹，然汝之心可质天日，非独朕知。若甘受畏葸之罪，殊属非是。”58
清军连续三年的败绩与大局的危殆，使此时的咸丰，内心里涌动着一股戾气，动辄责骂、惩处臣下。譬如骆秉章，因代属下的官员缓颊，竟被皇帝降五级留任。59而被曾国藩顶回去这股火，随即又发泄到曾国藩的老师吴文镕头上去了。吴文镕（1792～1854），字甄甫，江苏仪征人。嘉庆二十四年进士，选庶吉士，散馆授编修。累迁侍读学士、顺天学政、詹事府詹事、内阁学士；历任礼部、刑部、户部侍郎，外放为福建、江西、浙江等省巡抚，为官清正廉洁。后任云贵总督，咸丰三年八月，调任湖广总督。事情的缘起是，吴与湖北巡抚崇纶，在战守方略上发生了冲突。九月十八日，太平军前锋逼近武昌，崇纶等均赴城外扎营，为吴文镕所阻。崇纶争论说守此空城无用，吴文镕却认为：“抚臣之必欲出城扎营者，意将乘机逃避，藉口于本在城外，可免失陷城池之罪耳。”60吴因此坚持不允，要求所有官员与城共存亡，并宣称敢有异议者，必先手刃此人。此后，督抚龃龉不合。吴文镕是曾国藩的座师，到任后对门生亦寄以厚望，希望曾国藩能带兵到湖北助己一臂之力。两人书信往返商定，由曾国藩赶造船只，雇练水勇，明年正月北上与吴会合攻剿太平军。61
崇纶，姓喜塔腊氏，满洲正黄旗人。以内阁笔帖式充军机章京，累官侍读，陕西、直隶道员，云南按察使、广东布政使，咸丰二年任湖北巡抚。崇纶乃小人心性，挟嫌报复，上折劾奏吴文镕畏葸不前，“臣屡劝督臣派兵攻剿，督臣之意，必将待湖南两广并自造各船炮到齐，方可出师。若以数千之旅，惟恐有失，万不肯行，终日闭城坐守，一筹莫展。”又称，太平军“现在楚境者，俱系零星小丑，并有土匪冒名抢劫。长发老贼，实系无多，若派数千官兵，配以现有炮船，水陆夹击，足资痛剿”。62崇纶的谎言，迎合了咸丰躁进的心理，故于上谕中称“崇纶力筹剿贼”，而“吴文镕闭城坐守”，指名要吴“亲率官军出省督战”。吴知道受了崇纶的中伤，上折自辩并揭露崇纶，但咸丰不辨是非，各打五十大板，且强令二人和衷共事：“汝二人厥罪维钧，负气诡辞，无耻已极，胆大已极。”63实际上，咸丰明显偏袒崇纶，吴上疏坦陈与曾国藩的约定，可孰料其时咸丰对曾一肚子闷气，无从发泄，正好迁怒于他，于是仍强命吴带兵出省迎敌，而以崇纶留城专办防务。
吴文镕无奈，带兵数千赴黄州布防。曾国藩得知老师被劾后，极为气愤，力劝吴文镕“剀切痛陈，备言进剿之不能得力，徒挫声威；省会防守之不可忽，船炮凑办之不易集，湘省之办船，粤东之购炮，皆系奉肃清江面之旨而来，只可并为一气，协力进攻，不可七零八落，彼此无成。逐层奏明，宜蒙俞允。即以此获咎，而于吾师忠直之素。谋事之臧，固亦可坦然共白于天下。刻下旌从已成行否？如尚未起行，伏望审慎三思，仍驻鄂垣，专重防守”。64但吴文镕很可能没有机会读到这封信了，即便读到了，吴也未必有他那样抗辩的勇气。正月十五日，太平军主力石贞祥、韦俊、曾天养、林绍璋，水营张子朋部约四万人，自黄州绕道出堵城清军大营之后，纵火焚攻，清军大溃，吴文镕投水自尽。之后，“崇纶自请出剿，谋脱身走避，文宗烛其隐，不许。